Berawal dari didirikannya MTs Nurur Rohmah dibawah naungan Lembaga Pendidikan Ma’arif PC NU Kabupaten Probolinggo pada 10 Mei 2005. Dikepalai oleh Gatot Ary Bowo, S.Pd, dengan Kepala Tata Usaha Maryono, S.Pd. Kemudian dalam perjalanannya pada tahun 2007 diajukan untuk menjadi Madrasah Negeri dibawah naungan Kantor Departemen Agama Kabupaten Probolinggo. Dengan dasar pada waktu itu belum ada Madrasah Negeri di wilayah barat Kabupaten Probolinggo.
Atas perjuangan dan upaya maksimal para tokoh pada waktu itu, akhirnya diterbitkanlah Keputusan Menteri Agama RI No. 48 Tahun 2009 tentang Penetapan MTs N, tanggal 5 Maret 2009.
Hal ini sekaligus menandakan pergantian nama MTs Nurur Rohmah menjadi MTs Negeri Tongas dengan Kepala Madrasah Drs. Suyud, M.Pd menggantikan Kepala sebelumnya.
Perubahan nama Madrasah juga diperkuat dengan adanya Berita Acara Serah Terima Aset Nomor MTs.13.13.184/HM.01/002/2009 Tanggal 28 Oktober 2009 antara Ketua Yayasan Pendidikan L.P. Ma’arif,
Ketua: KH. Syaiful Hadi dengan Kepala MTs Negeri Tongas, Kepala: Drs. Suyud, M.Pd, Mengetahui Kepala Kantor Departemen Agama Kabupaten Probolinggo, Kepala: Drs. H. Moh. Sirajuddin, SH, M.Pd.
MTs Negeri Tongas dengan Kepala Madrasah Drs. Suyud, M.Pd sampai dengan tahun 2014. Terhitung 1 Juli 2014 Drs. Suyud, M.Pd digantikan oleh Dra. Siti Fatimah, S.Pd., M.Pd.
Lalu Mulai Tanggal 17 November 2016 nama Madrasah Berubah Menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Probolinggo Berdasarkan Keputusan Menteri Agama RI Nomor : 673 Tahun 2016 Tentang Perubahan Madrasah Aliyah Negeri, Madrasah Tsanawiyah Negeri, dan Madrasah Ibtidaiyah Negeri di Provinsi Jawa Timur.
Selanjutnya mulai 1 Desember 2016 Dra. Siti Fatimah, S.Pd., M.Pd digantikan Drs. Miftahul Huda, M.A sampai dengan sekarang.
